あります для предметов, います для живых, где находится — с に, и слова положения.
あります для неживого, います для живых (люди, животные).
あそこに ぎんこうが あります。
Вон там есть банк.
へやに ねこが います。
В комнате есть кошка.
Оба значат «есть/имеется». Выбор по одушевлённости: あります — предметы, растения, события; います — люди и животные. Само существующее отмечается через が.
に отмечает место существования: 机の上に 本が あります.
つくえの うえに ほんが あります。
На столе есть книга.
Место существования берёт に (не で, которое для действий). Слова положения сочетаются с の: 机の 上 (на столе), いすの 下 (под стулом), 銀行の 前 (перед банком).
Когда предмет — тема, используйте は…に あります: 銀行は 駅の前に あります.
ぎんこうは えきの まえに あります。
Банк находится перед станцией.
Два шаблона описывают одну сцену с разных сторон: место に N が あります (вводит новое) против N は место に あります (где находится известное).
や перечисляет несколько существительных как примеры — «A, B и прочее». と даёт полный список.
はこの なかに てがみや しゃしんが あります。
В коробке письма, фотографии и прочее.
つくえの うえに ほんや ノートなどが あります。
На столе книги, тетради и тому подобное.
や называет несколько предметов и подразумевает, что есть и другие. など в конце списка говорит это прямо. Сравните с と: 手紙と 写真 = письма и фотографии, больше ничего.