や перечисляет несколько существительных как примеры — «A, B и прочее». と даёт полный список.
はこの なかに てがみや しゃしんが あります。
В коробке письма, фотографии и прочее.
つくえの うえに ほんや ノートなどが あります。
На столе книги, тетради и тому подобное.
や называет несколько предметов и подразумевает, что есть и другие. など в конце списка говорит это прямо. Сравните с と: 手紙と 写真 = письма и фотографии, больше ничего.