Глаголы движения с частицей направления へ, транспорт с で, совместное действие с と.
へ (читается «э») отмечает, куда идёте/приходите/возвращаетесь. С 行きます, 来ます, 帰ります.
きょうとへ いきます。
Еду в Киото.
へ отмечает направление/пункт назначения у глагола движения. Как и тема は, частица へ пишется へ, но читается «э».
で на транспорте говорит, как вы добираетесь: 電車で = «на поезде».
でんしゃで かいしゃへ いきます。
Езжу на работу на поезде.
で отмечает средство/способ — здесь транспорт. «Пешком» — 歩いて (без で).
と после человека значит «(вместе) с»: 友達と = «с другом».
ともだちと にほんへ きました。
Приехал в Японию с другом.
と связывает спутника с действием. «В одиночку» — 一人で.